滴灌技术节水效果明显，但滴灌系统也最容易发生堵塞。防止滴头堵塞的主要方法是充分的水处理，而水处理的方法类型则要依据灌溉水的水质而定。了解影响水质的因素，对预防滴头堵塞十分有利。
灌溉水的水质主要含物理性组分（无机物：砂粒、砂土、粘土；有机物：水生植物如浮游植物、藻类，水生动物如浮游动物、蜗牛；细菌；塑料末；油渣），化学成分（碱土金属阳离子：钙、镁、铁、锰；阴离子：碳酸盐、氢氧化物、硅酸盐、硫化物；化肥：氨水、铁、铜、锌、锰、磷），生物成分（藻类；细菌如丝状细菌和粘液细菌；微生物；活性物质如铁、锰和硫）。
研究发现，对于物理因素：当水体中悬浮固体位置小于50mg/L时，滴头不易出现堵塞，50~100mg/L时，需要农民提早预防，大于100mg/L时，极易造成滴头堵塞。对于化学因素：适合作为滴灌水源的水质，其pH值要小于7.0，溶解的固体物质不得大于500mg/L，水体中猛的含量应小于0.1mg/L，铁和硫化氢的含量均应小于0.2mg/L。
在灌溉水质满足上述要求之后，农民还应多注意在灌溉过程中不要让过多杂质混入水体中，同时要经常对管道和滴头进行冲洗，以避免微量杂质的积累，造成滴灌系统堵塞，保证滴灌系统的正常运行。
